登録免許税 計算ツール｜所有権移転・保存・抵当権・相続登記の税率と軽減措置を試算

登録免許税の計算式

登録免許税 = 課税標準額 × 税率

課税標準額 = 固定資産税評価額(市町村が決定) ／ 抵当権の場合は債権金額

登録免許税法(第2条)により、不動産登記を法務局に申請する際、原則として固定資産税評価額(市町村の固定資産課税台帳に登録された価格)に登記の種類ごとの税率を乗じた金額を国に納付します。100円未満は切り捨て、最低税額は1,000円(登録免許税法第19条)です。

納付方法

登記申請書に収入印紙を貼付するか、電子納付(オンライン申請)、金融機関での現金納付書利用が可能です。司法書士に依頼した場合は代理納付され、実費として請求書に記載されます。

納付先

登録免許税は国税で、国税庁の管轄。ただし窓口は法務省の各地方法務局(不動産登記管轄)となります。固定資産税評価額は市町村税(地方税)の資産評価担当課が管理しており、両者は連動しつつも別体系です。

登記種類別の税率一覧(本則)

本則税率は登録免許税法(別表第一)で規定されており、租税特別措置法により時限的な軽減措置が適用される項目もあります。土地の売買については、令和8年3月31日まで1.5%への軽減が延長されています。

住宅用家屋の軽減措置(租税特別措置法)

個人が自己居住用の住宅を取得する場合、租税特別措置法(第72条・第73条・第74条)により、以下の軽減税率が適用されます(令和9年3月31日まで、以降は改正の可能性)。

軽減の適用要件

• 個人が自己居住用として取得(法人・投資用は不可)
• 床面積50㎡以上(登記簿面積)
• 取得後1年以内に登記
• 市町村長発行の住宅用家屋証明書を法務局に提出
• 中古住宅は昭和57年1月1日以降建築、または新耐震基準適合

住宅用家屋証明書

市区町村役所の税務課・資産税課で発行されます(証明手数料1,300円程度)。申請には登記事項証明書、売買契約書または請負契約書、住民票、耐震基準適合証明書(中古の場合)などが必要です。

認定長期優良住宅・低炭素住宅の特例

長期優良住宅の普及の促進に関する法律、都市の低炭素化の促進に関する法律に基づく認定住宅について、さらに軽減された税率が適用されます(租税特別措置法第74条の2)。

認定申請は都道府県または特定行政庁に対して、住宅の設計段階または着工前に行います。認定を受けた場合、登録免許税だけでなく不動産取得税・固定資産税・住宅ローン控除の借入上限額でも優遇があります。

相続登記義務化(2024年4月施行)

民法・不動産登記法改正により、2024年(令和6年)4月1日以降、相続で不動産を取得した相続人は3年以内の相続登記が義務化されました。正当な理由なく怠った場合、10万円以下の過料の対象となります(不動産登記法第76条の2)。

過去の相続にも適用

施行日前に発生した相続についても、施行日から3年以内(2027年3月末まで)に登記が必要です。数世代前の未登記不動産も対象となり、司法書士事務所への相談件数が急増しています。

相続人申告登記(簡易手続)

遺産分割協議が難航している場合でも、法務局に相続人が申告することで義務履行と認められる相続人申告登記が新設。手続きは登録免許税がかからず、簡易書類のみで可能です。ただし相続人単独の氏名しか登記されず、正式な所有権登記ではないため、遺産分割確定後に本登記が必要です。

相続登記の免税措置

租税特別措置法第84条の2の3により、以下の場合は登録免許税が免税されます(令和7年3月31日まで)。

• 不動産価額が100万円以下の土地の相続登記
• 相続人が先に死亡し、数次相続で当該不動産の相続登記を行う場合

登記シーン別の実例

司法書士報酬の目安

日本司法書士会連合会の統計(2018年)による、報酬の全国平均目安です(税抜)。

物件数、権利関係の複雑さ、遠隔地物件、緊急対応などで加算されます。複数事務所から見積りを取り、実費(登録免許税・印紙代・謄本代)と報酬を分けて比較しましょう。

不動産取引諸費用の全体像

登録免許税は不動産取引諸費用の一部です。全体像を把握して資金計画を立てましょう。

諸費用は物件価格の7-10%が目安。頭金と別に諸費用分の現金準備が必要です。物件価格3,000万円なら諸費用200-300万円を現金または諸費用ローンで手当てします。

登記申請の実務フロー

1. 事前準備(申請前1-2週間)

登記事項証明書(現在事項全部)、固定資産評価証明書または名寄帳、住民票、印鑑証明書、売買契約書または遺産分割協議書、住宅用家屋証明書(軽減の場合)を揃えます。マイナンバーカードで一部書類はオンライン取得可能。

2. 登記申請書の作成

法務局公式書式、または司法書士事務所所定書式で作成。登記の目的、原因、権利者・義務者、不動産の表示、課税価格、登録免許税額、添付書類を記入。書式は法務局・法務省ホームページから無料ダウンロード可能。

3. 登録免許税の納付

収入印紙を申請書に貼付、または電子納付(オンライン申請時)、金融機関での現金納付書。100円未満切り捨て、最低1,000円。抵当権抹消は1,000円、住所変更も1件1,000円の定額です。

4. 法務局への提出

不動産所在地を管轄する法務局の登記受付窓口へ提出。郵送も可能ですが、追加書類が必要な場合の対応で数週間の遅延リスクあり。オンライン申請(登記・供託オンラインシステム)は司法書士が代理する場合に多用されます。

5. 完了までの期間

混雑状況によりますが、通常1-2週間、繁忙期(3月・4月)は3-4週間。完了後、法務局から登記完了証、登記識別情報通知書(旧・権利証)が発行されます。売買・抵当権設定の場合、司法書士が金融機関に登記完了を報告して融資実行という流れが一般的。

6. 登記完了後の確認

登記事項証明書を取得し、所有者・原因・日付が想定通りに記載されているか確認。誤記載があれば法務局に更正登記(1件1,000円)を申請します。長期的な保管書類(識別情報通知書・完了証)は金庫や貸金庫での厳重保管を推奨します。

よくある間違い・注意点

• 「時価」で税額計算 — 登録免許税の課税標準は固定資産税評価額(公示価格の約7割)であり、市場での売買価格(時価)ではありません。3,000万円の物件でも評価額1,500万円なら課税基準は1,500万円です。
• 軽減の適用漏れ — 住宅用家屋証明書の取得を忘れると、本則税率(2.0%)で計算され、数十万円の差が出ます。売買契約から登記まで1年以内・50㎡以上・自己居住要件を必ず確認。
• 抵当権の課税基準を間違える — 抵当権設定登記の課税標準は債権金額(借入額)であり、物件評価額ではありません。フルローンなら物件価格に近くなりますが、頭金を入れた場合は借入額のみが対象です。
• 相続登記の放置 — 2024年4月施行の相続登記義務化により、3年以内の登記が必要。過料10万円のほか、後日の売却・担保設定・遺産分割で相続人全員の押印が必要になり実務が困難化します。
• 認定住宅特例の申請忘れ — 長期優良住宅・低炭素住宅の認定申請は着工前に行う必要があります。事後申請は不可。ハウスメーカーとの打合せで認定取得の意向を伝えましょう。
• 登記識別情報の紛失 — 平成17年以降の登記識別情報(旧・権利証)は再発行不可。売却・担保設定時に必要となるため、金庫保管を推奨。紛失時は司法書士の本人確認情報作成で代替可能ですが、追加費用5-10万円がかかります。

関連する法令

• 登録免許税法 ― 国税の一つとして登録免許税を規定。別表第一で登記事項別の税率、第2条で課税標準、第19条で最低税額1,000円を規定。
• 租税特別措置法 ― 第72-74条で住宅用家屋の軽減、第84条の2の3で相続登記の免税措置を規定。時限立法として毎年度改正される。
• 不動産登記法 ― 登記の種類、申請手続、義務、公示制度を規定。2021年改正で相続登記義務化・所有者不明土地対策を導入。
• 民法 ― 所有権・抵当権等の物権、相続に関する基本ルール。2018年相続法改正で配偶者居住権が新設。
• 司法書士法 ― 登記代理の独占業務を司法書士に付与。報酬の届出義務、懲戒制度、業務範囲を規定。
• 長期優良住宅の普及の促進に関する法律 ― 認定住宅の基準、認定手続、税制優遇の根拠法。
• 都市の低炭素化の促進に関する法律 ― 認定低炭素住宅の基準、低炭素都市づくり計画の枠組み。

参考文献・公的資料

より正確な税率・軽減要件を確認したい場合は、以下の公的機関の資料を参照してください。

• 法務省 民事局(登記制度) ― 不動産登記の公式情報、相続登記義務化の解説、申請書式ダウンロード。
• 法務局 登録免許税の計算方法 ― 各法務局が公表する税率・計算例・納付方法の詳細。
• 国税庁 登録免許税の税額表 ― 国税庁タックスアンサー。登記事項別税率と法令根拠。
• 国土交通省 長期優良住宅・低炭素住宅 ― 認定基準、申請手続、税制優遇の解説。
• 日本司法書士会連合会 ― 司法書士制度・報酬統計・相談窓口の全国案内。
• 法務省 相続登記の申請義務化 ― 2024年4月施行の相続登記義務化ページ、Q&A、相続人申告登記制度。
• e-Gov 登録免許税法 ― 法令データ提供システム。登録免許税法・別表第一の全文検索。
• e-Gov 租税特別措置法 ― 住宅取得等の軽減措置(第72-74条)の条文。
• 東京都主税局 固定資産税・都市計画税 ― 固定資産税評価額の閲覧・証明書発行手続。
• 財務省 登録免許税の概要 ― 登録免許税の税収規模、政策的位置づけ、法改正の変遷。

よくある質問（FAQ）

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